В 2006 году в рамках проводимой отраслевой реформы на Забайкальской железной дороге были организованы Дирекция по ремонту грузовых вагонов, Региональная дирекция по организации дальних пассажирских перевозок, Дирекция по управлению терминально-складским комплексом и Дирекция связи.
Как сообщили AmurNews в службе по связям с общественностью Забайкальской железной дороги, реформирование стало одной из тем пресс-конференции начальника Забайкальской железной дороги Сергея Тимофеева, посвященной третьей годовщине создания ОАО «РЖД». По его словам, на первом этапе структурных преобразований железнодорожного транспорта осуществлено разделение функций единого железнодорожного ведомства – Министерства путей сообщения. Функции государственного регулирования железнодорожного транспорта были возложены на Министерство транспорта Российской Федерации и подведомственные ему Федеральную службу по надзору в сфере транспорта и Федеральное агентство железнодорожного транспорта. В результате функции хозяйственного управления на железнодорожном транспорте полностью перешли к единому хозяйствующему субъекту – ОАО «РЖД», созданному в 2003 году.
Одной из главных задач второго этапа стало адаптирование к рыночным условиям хозяйствования внутренней структуры ОАО «РЖД». В течение 2004-2005 годов Советом директоров компании приняты решения о создании по сферам деятельности 27 дочерних обществ ОАО «РЖД».
На третьем этапе эта работа продолжилась, получив конкретное воплощение на железных дорогах. По словам Сергея Тимофеева, реализация структурных преобразований на Забайкальской дороге, являющейся филиалом компании, проходит последовательно, в соответствии с утвержденными планами. Идет вдумчивая и настойчивая работа по исполнению решений, принятых Правительством России и ОАО «РЖД».